Традиционната медицинска анатомия, основана, както думата подсказва, върху дисекция, се занимава с материалните структури на физическото тяло. Йогическата анатомия, напротив, се занимава главно с езотеричните структури на човешкия тело-ум, както той е преживяван в такива променени състояния на съзнанието като медитация и екстаз. Тези езотерични структури включват каналите (нади), завихрянията (чакри) на силата (прана). Тя също разглежда шоковата вълна, която разтърсва тялото, когато скритата психодуховна сила бъде отприщена (кундалини – шакти). Природосъобразната система за поддържане на здравето е в отдела „Аюрведа”.
Целта на Йогическата анатомия е да води йогина през и отвъд чудната страна на вътрешния свят на душата, която е взаимосвързана с физическия преносвач.
5 прани – прана – означаваща – въздух, дъха на живота, универсалната жизнена енергия. Силата прана циркулираща в устата, носа, сърцето, пъпа, палците на краката, и е отговорна за асимилирането на храната. Индивидуалната прана обитава сърцето, а цветът й е червен, и тя има 5 аспекта: прана, апана, вяна, удана, самана. Прана и апана често означават вдишване и издишване. Има и още 5 второстепенни дъха: нага (змия), курма (кустенурка), кри-кара (кри-фактор /хълцане/), дева-датта (божи дар), дханан-джая (достигащ богатство). Приема се, че тези 10 типа прана циркулират в 72 000 канала (нада), които подхранват всички органи на тялото. Петте основни дъха се обозначават като „пазители на дверите на небесния свят”, посказвайки тясната връзка между дишането и съзнанието, а от тук и различните техники на управляване на дишането (пранаяма).
10 индрии – сетивните органи: 1. джнана (на възприятието) – очи, уши, нос, език, кожа; 2. карма (на действието) – глас, ръце, стъпала, анус, полови органи.
Манас – нисшия ум – той организира получаваната от сетивата енергия информация. Поради близостта му до сетивните функции той е разглеждан като 11то сетиво (индрия). Неговите проявления са: желание (кама), помисъл (санкалпа), съмнение (вичикится), вяра (шраддха), неверие (ашраддха), неотклонна решимост (дхрити), колебливост (адхрити), срам (хри), размисъл (дхи), и страх (бхи). Подчертава се волевата и скептична нагласа на ума. Той трябва да бъде обуздан „както колесница, теглена от неуправляеми коне” или дърво, което трябва да бъде отрязано не просто от клоните, а от корен.Блаженството, което възниква при разтварянето на ума, е Абсолютът. Умът може да бъде чист или нечист – чист е „без желания”, а нечист – „прояден от желания”. Когато ума се обърне към сетивните обекти се стига до робство, то се отвърне от тях – към освобождение. Умът е господаря на сетивата, ажизнената сила (прана) е
господаря на ума. Връзката между дишането и ума е едно от големите открития в Йога.
Буддхи – интелект или висш ум. Това е кочияша, тялото е колесницата, а владетелят на колесницата е трансцендентния АЗ. В този смисъл буддх е най-висшият или най-дълбокия аспект на човешката душа – месторождението на истинското мъдро знание. В класическата Йога означава „познавателна способност”.
Читта – съзнание. Читта е част от неодушевената природа (пракрити). „Светлината на АЗ-а се отразява в най-висшия аспект на природата „саттва”. Когато „саттва” на съзнанието е толкова чиста, колкото АЗ-а, състоянието на „абсолютна освободеност” или „освобождение” бива постигнато. Саттва, една от гуните (качествата), тя е чистотата на АЗ-а.
Смята се, че Читта е изпълнено с безброй желания (васани). Както всички аспекти на неодушевената природа (пракрити), съзнанието търпи постоянна промяна. Най-важните модификации са 5 вида: достоверно/адекватно познание (прамана), превратно/погрешно познание (випарая), ментално конструиране/фикция (викалпа), сън (нидра), памет (смрити). Те трябва да бъдат подтиснати, за да се реализират висшите състояния на съзнанието (съзнателен екстаз). Сравняват го с „Огледало, в което се отразява „светлината на АЗ-а” или с „Магнит, който привлича предмети”. „Там, където обитава вятърът” (прана) в тялото, там обитава и съзнанието.
Умът е определен като „трептенето на жизнената сила”. Общата теорема е, че чрез контролиране на „дъха може да бъде овладян умът”.
Ахамкара – „Аз-фактор”, егото. Често означава его-илюзията, т.е усещането че си отделен от тело-ум, че имаш определени притежания (моите чувства, моите идеи, моите деца и пр.), и че си деец, който поставя началото на действия. Всички духовни традиции са на мнение, че его-усещането трябва да бъде трансцедентирано, или да се постигне радикална промяна в усещането на това кои сме ние: от Аз-идентичността ние сме подканени да се придвижим към Аз-идентичността. От Ахамкара към Атман.